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西宁市卫生健康委员会
关于印发西宁市致病菌识别网监测方案的通知
来源:    时间:2021年07月15日    

宁卫健疾控〔2021〕308号

西宁市卫生健康委员会

关于印发西宁市致病菌识别网监测方案的通知

各县区卫健局,西宁市疾病预防控制中心:

将《西宁市致病菌识别网监测方案》印发给你们,请各地区、各单位遵照执行。

西宁市卫生健康委员会

            2021年6月25日

(信息公开形式:主动公开)

            

西宁市致病菌识别网监测方案

为规范、有序开展基于国家致病菌识别网的细菌性传染病监测和持续建设工作,全面提高我市细菌性传染病病原学监测工作质量和水平,加强网络实验室能力建设,结合我市实际情况,特制定本方案。

一、监测目的

加强疾控系统病原检测鉴定和分析能力,开展系统化的实验室监测和分析,掌握病原特征和流行态势,提升暴发疫情预警和应急处置中“一锤定音”能力,为细菌性传染病疫情分析和防控决策提供科学依据。

二、监测内容和工作要求

(一)针对重要的细菌性传染病,开展标本采集、分离鉴定和实验室分析,获得连续性病原学监测数据。

1.监测范围

1)法定传染病种及其病原菌

①肠道传染病病原菌:霍乱弧菌、伤寒和副伤寒沙门菌、志贺菌、其他感染性腹泻病原菌(非伤寒沙门菌、产肠毒素及志贺类毒素的大肠埃希菌、空肠弯曲菌、副溶血弧菌、小肠结肠炎耶尔森菌等)。

②呼吸道传染病病原菌:脑膜炎奈瑟菌、A组溶血性链球菌(猩红热)等。

③自然疫源性传染病病原菌:炭疽芽胞杆菌等。

2)各地区根据本地流行和新发传染病实际情况,扩展的其他致病菌,以及其他引起公共卫生问题的致病菌,例如军团菌、莱姆病螺旋体、钩端螺旋体、猪链球菌、类鼻疽伯克霍尔德菌、单增李斯特菌等。

2.监测时间和方式

1)常规监测:针对监测的传染病,西宁市参比实验室根据本市实际情况,开展常规监测,设置监测哨点,采集标本,按要求开展病原学分析,积累和获取连续性监测数据。该项工作纳入疾控系统日常工作,全年开展。

2)专题监测:国家中心实验室根据上一年监测情况或当年新发突发传染病的情况,布置专题监测任务,发布监测实施方案,遴选网络实验室和哨点,针对特定致病菌开展专题实验室监测,获得代表性监测数据。该项工作进行专题设计,部分区域定期开展。

3.监测点设置

根据《关于加强公共卫生体系建设和重大疫情防控救治体系建设工作的通知》以及《国家致病菌识别网监测和能力建设方案》选定西宁市疾控中心为区域参比实验室。医疗机构/疾控中心选定西宁市第一人民医院、西宁市第二人民医院、西宁市第三人民医院、湟中区第一人民医院、大通县医院作为监测哨点医院。疾控中心选定城西区疾控中心、城东区疾控中心、城中区疾控中心、城北区疾控中心、湟源县疾控中心、湟中区疾控中心、大通县疾控中心为监测点,按要求开展致病菌识别网监测工作(见附表1)。

附表1

致病菌识别网细菌性传染病监测哨点医院/疾控中心

哨点医院名称

疾控中心收集和转运

份 数

肠道传染病标本

呼吸道传染病标本

西宁市第一人民医院

城中区疾控中心

300

180

120

西宁市第二人民医院

城北区疾控中心

300

180

120

西宁市第三人民医院

城北区疾控中心

200

120

80

湟中区医院

湟中区疾控中心

100

 60

40

大通县医院

大通县疾控中心

100

 60

40

  5.标本采集、菌株分离培养和收集

1)标本采集和致病菌分离培养:

监测哨点医院每年完成标本采集1000份,其中肠道传染病标本不得少于600份、呼吸道传染病标本不得少于400份,标本总数不得少于1000份,详细要求如下:

①肠道传染病标本(不少于600份):

采集每日腹泻三次及以上、并伴粪便性状改变的门诊就诊病例急性期粪便标本,进行致病菌分离培养。致病菌种类根据辖区内往年分离情况自行选择,不得少于3种,且在制定年度工作任务后可在年中增加菌种种类,但不能减少。

②呼吸道传染病标本(不少于400份):

采集表现咽痛、粟粒样皮疹、杨梅舌、伴或不伴发热的就诊病例咽拭子标本,进行A组溶血性链球菌的分离鉴定(猩红热病例),脑膜炎奈瑟菌等呼吸道传染病标本进行致病菌分离培养。

③采集炭疽芽胞杆菌等人兽共患传染病标本进行致病菌分离培养。

2)菌株收集

监测哨点医院菌株收集来源包括:

上述肠道传染病、呼吸道传染病、人兽共患病标本采集后分离的病原菌。

各哨点医院和监测点分离的传染病相关致病菌在2个工作日内上送至市疾控参比实验室,具体包括:霍乱弧菌、炭疽芽胞杆菌、伤寒副伤寒沙门菌、志贺菌、O157:H7大肠埃希菌、莱姆病螺旋体、钩端螺旋体、猪链球菌、类鼻疽伯克霍尔德菌、单增李斯特菌、鸟-胞内分枝杆菌复合群。

突发传染病疫情调查涉及的致病菌。

3)阳性菌株的保存

  各哨点医院和区县疾控中心实验室培养的传染病相关致病菌菌株应接种到磁珠冻存管保存(可保存在-20℃冰箱)或软琼脂培养基(软琼脂培养基应尽快送检),软琼脂培养基需培养18—24小时后,保存在2—8℃冰箱中。

6.标本(菌株)转运

各辖区内所有临床医疗机构实验室分离的传染病相关致病菌在2个工作日内由区县疾病预防控制中心收集送至区域参比实验室(西宁市疾控中心),标本送检应当按照《中华人民共和国传染病防治法》、《病原微生物实验室生物安全管理条例》、《可感染人类的高致病性病原微生物菌(毒)种或样本运输管理规定》和《人间传染的病原微生物菌(毒)种保藏机构管理办法》相关要求进行。

7.西宁市疾控参比实验室分析和结果填报

完成菌株鉴定、分子分型、耐药检测、全基因组测序等实验室分析工作。

1)市参比实验室负责复核哨点医院和/或区县级疾控采集和运送的标本(菌株),并及时进行菌株分离培养鉴定、基本病原学特征分析和进行目标菌分离鉴定和血清型/生物型/生化型的实验分析,按照不同病原菌的常规培养鉴定方法进行。分离培养鉴定工作在接受标本(菌株)后立即开展(标本储藏会影响分离率)。

2)耐药性检测

每年完成至少100株致病菌的耐药性检测。开展耐药性检测的菌种类型包括:霍乱弧菌、沙门菌、志贺菌、大肠埃希菌、弯曲菌、副溶血弧菌、脑膜炎奈瑟菌等。 

3)分子分型分析

每年完成至少100株致病菌的分子分型。不同病原细菌种或型,采用不同的分子分型方法,主要包括脉冲场凝胶电泳(PFGE)、多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)、多位点序列分型(MLST)等,参比实验室按照国家致病菌识别网标准操作规程开展致病菌分子分型实验和分析。分子分型分析需在获得菌株后2周内完成并在“国家致病菌识别网实验室监测信息系统”中填报数据。

4)全基因组测序

参比实验室每年完成至少100株致病菌的全基因组测序(没有能力的单位将菌株送至省疾控中心进行测序)。完成菌株的全基因组序列框架图测定,测序分析需在获得菌株后3个月内完成并在“国家致病菌识别网实验室监测信息系统”中填报数据。

5)结果填报

按照国家致病菌识别网信息管理要求,及时准确填报“国家致病菌识别网实验室监测信息系统”。

8.省级中心实验室

1)收集并保藏本省致病菌识别网监测阳性菌株,每省全年收集保存不少于平均每地市50株阳性菌株。

2)完成市州级网络实验室阳性菌株的抽样复核工作,包括复核鉴定、耐药性检测、分子分型、全基因组测序,所有复核任务均匀至每季度进行。

3)数据审核

按照国家致病菌识别网信息管理要求,审核辖区内地市级网络实验室填报“国家致病菌识别网实验室监测信息系统”和分析结果的完整性、准确性。

4)负责实验室分析技术现场指导、协助提高各实验室技术能力,省级室间实验室质量控制考核工作。

5)组织对网络实验室的质控考核工作。

(二)针对细菌性传染病暴发疫情,应用实验室检测监测技术提供系统化支持,快速识别病原,追踪溯源。

1.原则

实验室工作人员与流行病学和现场人员协作,积极参与疫情调查处置,共同完成采集标本、记录疫情相关信息,实时开展致病菌的实验室分析,发挥“一锤定音”的作用,快速识别病原菌,获取病原菌特征,共享所有实验室分析结果,开展疫情分析讨论,发现和发生发展规律,及时阻断传播路径,追踪传染来源,防止疫情发展和蔓延。

2.事件类型

(1)在实验室监测工作中,短时期内(定义为1个月)出现致病菌的分子分型或基因组特征相近的病例数量超过3个或以上,定义为分子分型预警事件,开展追踪溯源调查。

(2)流行病学定义的细菌性传染病暴发疫情,提供系统化实验室支持。

3.标本采集与运送

由疫情发生地的疾控中心组织疫情标本的采集和运送,包括医疗机构中的病例标本采集、传播可能因素调查中采集的标本,运送至西宁市疾控中心参比实验室或省级实验室。

4.实验室分析

由西宁市参比实验室或省级实验室完成病原细菌分离鉴定、耐药检测和分子分型以及全基因组测序分析。其中病原细菌分离培养鉴定按照不同病原菌的常规培养鉴定方法进行,耐药检测和分子分型以及全基因组测序分析按照《国家致病菌识别网实验室技术手册》开展,及时完成。

5.结果报送

(1) 实验室分析结果与流行病学人员共享,开展疫情分析讨论。

(2)实验室分析结果按要求填报国家致病菌识别网信息系统。

(3)参比实验室以专题报告方式上报省疾控中心实验室及国家中心实验室。

三、组织管理与职责分工

国家致病菌识别网由各级卫生行政部门和业务实施单位组成。业务实施单位由各级疾控中心和网底机构组成。按照统一部署、分级管理、分类指导的原则,科学有序的开展细菌性传染病监测工作。

(一)卫生行政部门 

国家卫健委负责管理国家致病菌识别网的建设和运行,组织编制和发布监测工作指导方案,定期组织督导考核,通报国家致病菌识别网监测工作进展。

省级、市级、区县级卫生计生行政部门负责组织、协调、督导和评估本辖区的识别网监测工作,为识别网工作提供必需的政策和经费支持。组织编制和发布辖区致病菌识别网监测工作方案。每年定期组织对本辖区识别网的先进单位和先进个人进行表彰。

(二)中国疾病预防控制中心

1.负责国家致病菌识别网监测工作的具体组织和协调,制定监测工作相关技术文件;负责全国监测工作的技术培训和指导,开展国家致病菌识别网的督导、考核和评估工作;组织和实施对省级网络实验室的评估工作。

2.负责建立国家致病菌识别网质量控制体系,组织对省级网络实验室的质控考核工作。

3.负责对暴发疫情处置的实验室分析和指导,对各省级中心实验室上送的特殊标本和菌株进行复核鉴定。

4.负责建设、运行和维护信息管理系统,强化信息安全。

5.定期分析和反馈全国监测数据,编发全国网络监测月报。

(三)省级疾病预防控制中心

1.负责本省识别网监测工作的具体组织实施和协调,开展识别网实验室监测工作,开展相关技术培训和指导;负责本省致病菌识别网监测工作的督导、考核和评估工作。

2.负责开展和实施质量控制工作,组织对本省地市级网络实验室的质控考核工作。 

3.负责本省暴发疫情处置的实验室分析和指导;负责本省内地市级网络实验室阳性菌株的收集、符合鉴定和结果反馈。

4.按照要求上送特殊标本和阳性菌株至国家中心实验室进行复核。

5.每月对本省识别网监测数据进行分析和反馈,并以月报形式报送省级卫生行政部门,同时报送国家中心实验室(电子邮箱:chinapin@icdc.cn)。

(四)市级疾病预防控制中心

1.负责本地市识别网监测工作的具体组织、实施和协调,分配足额从事识别网工作的人员;开展识别网实验室监测工作,负责本地市网底机构细菌性传染病监测和暴发处置的实验室技术培训和指导。

2.开展标本和菌株分离,鉴定辖区网底机构上送的菌株,按监测工作要求开展实验室分析工作,及时填报反馈结果。

3.按要求上送阳性菌株至省级疾控中心进行复核。

4.每月对本地市识别网监测数据进行分析和反馈,以月报形式报送地市级卫生行政部门,并报上级疾控中心。

(五)网底机构

 1.县区级疾控中心

(1)县区级疾控中心负责收集和转运哨点医院采集的相关生物标本和阳性菌株至上级疾控中心。

(2)获取基本流行病学信息,核实信息完整性,报送信息数据至上级疾控中心(见附表2.3)。

(3)协助上级疾控中心开展辖区传染病暴发疫情的调查处置。

2.哨点医疗机构

(1)指定专门科室和人员负责致病菌识别网监测工作。

(2)按照监测方案要求,做好生物标本采集与保存工作。

(3)按照监测方案要求,充分利用医院HIS系统,做好标本相关信息登记工作(见附表2.3)。

(4)发生传染病暴发疫情时,协助完成相关的病例调查工作。

(5)接受辖区疾控中心在识别网监测工作方面的技术指导和培训,接受卫生行政机构的督导、考核和评估。

四、生物安全要求

监测工作过程中,有关标本和菌株的采集、转运、保藏及实验室分析等各项活动均应遵守国家相应生物安全管理规定。

五、信息安全和管理

(一)国家致病菌识别网信息系统管理

各网络实验室(疾病预防控制中心)的账号由系统管理员建立和维护,系统权限由业务管理员设置。

(二)网络信息安全

各网络成员单位要按照国家相关信息安全法规和本机构信息安全管理规定,管理和保障致病菌识别网的信息安全。 

六、培训、考核和督导

(一)培训

省级中心实验室每年组织对本省份的网络实验室人员的培训,区域参比实验室协助完成本省的技术培训。各网络实验室可选派专业技术人员至省级中心实验室或国家中心实验室进修。

根据致病菌识别网工作需求,国家中心实验室和省级中心实验室可派出专家对部分网络实验室所在疾病预防控制中心技术人员进行现场培训和指导。

(二)技术考核和工作评估

1.技术考核

(1)组织形式

考核分为国家级考核和省级考核。

国家级考核由国家疾控中心组织开展省级中心实验室及辖区内网络实验室参加的网络工作考核。

省级考核由省级疾控中心组织开展辖区内网络实验室参加的网络工作考核。

国家级考核每年执行一次,在次年年初进行。省级考核应在国家级考核之前进行。

(2)考核内容

①盲样考核:省级中心实验室负责组织本省市州级网络实验室的盲样考核。国家中心实验室向省级网络实验室分发菌株和样品,开展盲样考核,内容包括细菌鉴定、耐药性检测和分子分型以及实验结果反馈及时性、信息网络传输及时性等方面

②任务考核:及时准确完成内容与工作要求中的监测分析任务规定的菌株数量要求,完成率达到100%;菌株鉴定、耐药检测和分子分型等实验均在规定时间内完成,时效率大于90%;信息记录完整,均提交识别网中心数据库,完整率达到大于90%。

2.工作评估

省级疾控中心参照国家评估方案,制订本省份的考评估案。每年组织对网络实验室所在的地市或县区级疾病预防控制中心、哨点医院的工作进行评估,并将结果报送省级卫生行政部门,由省级卫生行政部门通报各市级卫生行政部门。    

(三)督导

1.省级督导

省级卫生行政部门每年组织对本辖区部分网络实验室及哨点医院进行督导检查,及时发现问题,提出解决方案,并将督导报告上报国家卫生健康委及中国疾病预防控制中心备案。

2.市州级督导

市州级卫生行政部门负责本辖区区县级实验室及哨点医院的日常督导,每年督导2次或以上。

附表2

国家致病菌识别网-病原菌样本信息登记表

一、 样本信息

1.1样本编号*          

1.2采样时间*          

1.3样本来源地*        

1.4样本归类*; (若样本归类为人,请填写1.5)   □ 动物; (若样本归类为动物,请填写1.6)  

食品; (若样本归类为动物,请填写1.7) R 环境(若样本归类为环境,请填写1.8)  

其他 (若样本归类为动物,请填写1.9)

1.5 样本来源: □病人; □健康人; □携带人

样本名称*渗漏液:   □前列腺分泌物;  □肌腱脓液;  □纤支镜吸痰; 

气管内痰;  □脐部分泌物;   □大腿穿刺液

患者姓名:          (联系人姓名:           

性别*     

民族:                 

病历号:                

身份证号码:              

监测类型*  腹泻相关;     呼吸道相关-百日咳;    呼吸道相关-猩红热;     

 呼吸道相关-其他;  自然疫源相关;      暴发监测

  分离状态*  分离成功;   分离失败;   未分离;    鹦鹉热源衣原体阳性

1.6样本来源*  家禽;   家畜;   野生动物

  样本名称*      

来源详情:       

监测类型*  皮毛;    肉;    脏器;    其他      

分离状态*  分离成功;  分离失败; 未分离;   鹦鹉热源衣原体阳性

1.7样本来源*  食品加工品; 食用油、油脂及其他制品; 肉制品;

 乳制品;   其他       

样本名称*       

来源详情:       

监测类型*  腹泻相关;     呼吸道相关-百日咳;    呼吸道相关-猩红热;     

 呼吸道相关-其他;  自然疫源相关;      暴发监测

分离状态*  分离成功;   分离失败;   未分离;    鹦鹉热源衣原体阳性

1.8样本来源*  考核样:    质控菌株;   土壤;     水;

  其他        

样本名称*      

来源详情:       

监测类型*  腹泻相关;     呼吸道相关-百日咳;    呼吸道相关-猩红热;     

 呼吸道相关-其他;  自然疫源相关;      暴发监测

  分离状态*  分离成功;   分离失败;   未分离;    鹦鹉热源衣原体阳性

1.9监测类型*  腹泻相关;     呼吸道相关-百日咳;    呼吸道相关-猩红热;     

 呼吸道相关-其他;  自然疫源相关;      暴发监测

  分离状态*  分离成功;   分离失败;   未分离;    鹦鹉热源衣原体阳性

附表3

国家致病菌识别网-病原菌菌株信息登记表

一、 样本信息

1.1样本编号*          

1.2采样时间*          

1.3样本来源地*        

1.4样本归类*; (若样本归类为人,请填写1.5)   □ 动物; (若样本归类为动物,请填写1.6)  

食品; (若样本归类为动物,请填写1.7) R 环境(若样本归类为环境,请填写1.8)  

1.5 样本来源: □病人; □健康人; □携带人

样本名称*渗漏液:   □前列腺分泌物;  □肌腱脓液;  □纤支镜吸痰; 

气管内痰;  □脐部分泌物;   □大腿穿刺液

1.6样本名称*      

样本来源*  家禽;   家畜;   野生动物

  监测类型*  皮毛;    肉;    脏器;    其他      

1.7样本名称*       

样本来源*  食品加工品; 食用油、油脂及其他制品; 肉制品;

 乳制品;   其他       

1.8样本名称*      

样本来源*  考核样:   质控菌株;   土壤;     水;

  其他        

二、 菌株信息

1.1菌株种类*        

1.2菌株编号*        

1.3提交时间*        

1.4是否完成指纹图谱实验(PFGE)及指纹图谱实验的类型: 是;      

指纹图谱实验的类型:        

1.5是否完成字符实验(MLST)及字符实验的类型: 是;      

字符实验的类型:         

1.6是否完成耐药实验(MIC)及耐药实验的类型: 是;      

耐药实验的类型:         

1.7是否完成全基因组测序实验: 是;      

1.8是否完成分子分型实验: 是;   

1.9 是否存在毒力基因及毒力基因名称: +    —   毒力基因名称:        

1.10血清抗原式:        

1.11致病性(致泻性大肠杆菌)  ETEC  EPEC  EIEC  EAEC  STEC

1.12耐药类型:        

1.13采样前是否使用抗生素及抗生素类型:  是;      抗生素类型:        

1.14是否接种过相关菌株的疫苗:   是;   

西宁市卫生健康委员会办公室        20216月25日印发